El sistema de inyección de combustible de la KX250F presenta una doble inyección: un inyector inferior en la válvula de mariposa (en la que se sitúan los sistemas de inyección de combustible estándar) y un inyector superior ubicado cerca de la caja de filtro.
Al contrario que en la doble inyección de los modelos superdeportivos (en los que el inyector superior solamente funciona a tiempo parcial ya que suministra combustible cuando es necesario), los dos inyectores de la KX250F tienen roles diferentes. El inyector inferior asegura una respuesta suave e instantánea, mientras que el inyector superior se encarga de suministrar potencia. Según van aumentando las revoluciones y la posición del acelerador, la operación cambia del inyector inferior al inyector superior. (Dependiendo de si se está en una marcha baja (1a, 2a) o una marcha alta (3a, 4a, 5a), el cambio es progresivo y casi instantáneo).